graphviz に用意されているコマンドは以下の５種類

• dot
• twopi
• neato
• circo
• fdp

graphviz を使うのを間違っているような気もするが，neato を用いたときには, 個々のノードの座標を指定することができる．
graphviz 形式の dot ファイルは以下のような記述となる

  graph G { 
    graph[bb="0,0,200,200",size="5,5"]; 
    node [width="10", height="10",fixedsize="true", fontsize="500"];
    0 [pos="88,164",width="10",height="10"];     %ノードID [座標, 図の大きさ]
    ....
  }
	     

そして，以下のようにコマンドを実行するさいのオプションは以下のようになる．

   % neato -s1 -n100 -Tps "ファイル名" -o"出力ファイル名"
	     

グラフに余白をつけたい場合(特に，ノードの場所を固定したときなど)には，margin を用いて，調整する．
margin の値は整数値でも実数でも良さそうだが，値でどの程度調整できるのかは不明．

  graph G { 
    graph[bb="0,0,200,200", margin="10", size="5,5"]; 
    ....
  }
	    

• AT&T graphviz site